مهدی ایرانی

مقالات علمی چاپ شده در مجلات

1. "Assessing the accuracy and efficacy of multiscale computational methods in predicting reaction mechanisms and kinetics of SN2 reactions and Claisen rearrangement"
   Mehdi Irani, Hamid Seydi, Maryam Haji Dehabadi, Faezeh Zafari
   Scientific Reports, 2024
2. "QM/MM study of the catalytic reaction of aphid myrosinase"
   Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
   International Journal of Biological Macromolecules, 2024
3. "Discovery of new Glyoxalase I inhibitors by repurposing of FDA-approved drugs: An in silico study"
   Mehdi Irani, sepehri bakhtyar, Khaled Hoseyni
   Journal of Molecular Structure, 2024
4. "In Silico Optimization of Frizzled-8 Receptor Inhibition Activity of Carbamazepine: Designing New Anti-Cancer Agent"
   Mehdi Irani, Raouf Ghavami, sepehri bakhtyar, Roya Ahmadi
   Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening, 2023
5. "Integrated fragment-based drug design and virtual screening techniques for exploring the antidiabetic potential of thiazolidine-2,4-diones: Design, synthesis and in vivo studies"
   Mehdi Irani, Shankar Gupta, Gurkaran Singh Baweja, Shamsher Singh, Rajveer Singh, Vivek Asati
   European Journal of Medicinal Chemistry, 2023
6. "Two local minima for structures of [4Fe–4S] clusters obtained with density functional theory methods"
   Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
   Scientific Reports, 2023
7. "Computational design of fusion proteins against ErbB2-amplified tumors inspired by ricin toxin"
   Mehdi Irani, yaser ahmadi moghadam, Asad Maroufi, Sara Zareei
   Frontiers in Molecular Biosciences, 2023
8. "Catalytic Reaction Mechanism of Glyoxalase II: A Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Study"
   Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde, Javad Shirazi
   JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 2023
9. "Identifying SARS-CoV-2 main protease inhibitors by applying the computer screening of a large database of molecules"
   Mehdi Irani, Raouf Ghavami, sepehri bakhtyar, Roya Ahamdi, Fatemeh Mahmoudi, Danyal Moradi
   SAR AND QSAR IN ENVIRONMENTAL RESEARCH, 2022
10. "Ethanol adsorption in cation-exchanged linde type L zeolite, studied by molecular simulations"
    Mehdi Irani, Kianoush Ramezani Shabolaghi
    COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY, 2022
11. "Benchmark Study of Redox Potential Calculations for Iron–Sulfur Clusters in Proteins"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde, Yakini A. Tavares Santos, Justin Bergmann
    INORGANIC CHEMISTRY, 2022
12. "Robust and predictive QSAR models for predicting the D2, 5-HT1A, and 5-HT2A inhibition activities of fused tricyclic heterocycle piperazine (piperidine) derivatives as atypical antipsychotic drugs"
    Mehdi Irani, Raouf Ghavami, sepehri bakhtyar, Roya Ahamdi
    JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE, 2022
13. "Study of interaction of metal ions with methylthymol blue by chemometrics and quantum chemical calculations"
    Mehdi Irani, Raouf Ghavami, Sonia Jafari, rasoli zolikha
    Scientific Reports, 2021
14. "QM/MM Study of the Catalytic Reaction of Myrosinase; Importance of Assigning Proper Protonation States of Active-Site Residues"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
    Journal of Chemical Theory and Computation, 2021
15. "Two-Substrate Glyoxalase I Mechanism: A Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Study"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
    INORGANIC CHEMISTRY, 2021
16. "Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Study of the Reaction Mechanism of Glyoxalase I"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde, Adam Fouda, Geng Dong, Fatemeh Sadat Alavi
    INORGANIC CHEMISTRY, 2020
17. "Can a quantum mechanical cluster model explain the special stereospecificity of glyoxalase I?"
    Mehdi Irani, Hadi Parsa, Samaneh Parvaneh
    COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY, 2020
18. "QM/MM study of the stereospecific proton exchange of glutathiohydroxyacetone by glyoxalase I"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
    Results in Chemistry, 2019
19. "Higher Flexibility of Glu-172 Explains the Unusual Stereospecificity of Glyoxalase I"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde, Nadia Kazemi
    INORGANIC CHEMISTRY, 2018
20. "Selective aerobic photocatalytic oxidation of benzyl alcohol over spherical structured WO3/TiO2 nanocomposite under visible light irradiation"
    Mehdi Irani, Sajjad Mohebbi, Elham Safaei
    JOURNAL OF SOL-GEL SCIENCE AND TECHNOLOGY, 2018
21. "Photocatalytic degradation of Methylene Blue with ZnO nanoparticles; a joint experimental and theoretical study"
    Mehdi Irani, Sajjad Mohebbi, Tahereh Mohammadi
    Journal of the Mexican Chemical Society, 2016
22. "Catalytic mechanism of human glyoxalase I studied by quantum mechanical cluster calculations"
    Mehdi Irani, Sonia Jafari, Ulf Ryde
    JOURNAL OF MOLECULAR CATALYSIS B-ENZYMATIC, 2016
23. "Enantioselectivity of lipase B from Candida antarctica in the transesterification reaction of (R; S)-1-phenylethanol and S-ethyl thio-octanoate; a density functional study"
    Mehdi Irani, heidariyan saeei
    Scientia Iranica, 2015
24. "Amino Acid Oxidation of Candida antarctica Lipase B Studied by Molecular Dynamics Simulations and Site-Directed Mutagenesis"
    Mehdi Irani, Ulrika Törnval, Samuel Genheden, Marianne Wittrup Larsen, Rajni Hatti-Kaul, Ulf Ryde
    Biochemistry, 2013
25. "A density functional theory study of cyclization of citronellal"
    Mehdi Irani, mohammad reza Gholami, Sayed Amir Siadati, mohammad reza Zardoost
    Progress In Reaction Kinetics And Mechanism, 2012
26. "A joint experimental and theoretical study of kinetic and mechanism of rearrangement of allyl p-tolyl ether"
    Mehdi Irani, Mohammad Haqgu, Ali TALEBI, mohammad reza Gholami
    JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM, 2009
27. "Theoretical study of protic solvents hydrogen bonding effect, on the reaction of cyclopentadiene and vinyl acetate; apart from the bulk properties"
    Mehdi Irani, Mohammad Haqgu, mohammad reza Gholami
    JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM, 2009
28. "Theoretical study of solvent and substituent effects on the reactions of 1,4-benzoquinone with Cyclopentadiene and Cyclohexadiene derivatives"
    Mehdi Irani, Mohammad Haqgu, mohammad reza Gholami
    Progress In Reaction Kinetics And Mechanism, 2008
29. "Theoretical study of kinetics and mechanism of reactions of Hydroxylamine and Amineoxide anion with Methyl Iodide in gas and aqueous phases"
    Mehdi Irani, Mohammad Haqgu, mohammad reza Gholami
    Progress In Reaction Kinetics And Mechanism, 2007
30. "بررسی نظری اثر ایزوتوپی-سینتیکی بر روی واکنش کاتالیستی آنزیم گلی اکسالازI از باکتری ایشریچیاکولای"
    مهدی ایرانی، بهناز فرشیدفر، خالد حسینی
    پژوهش های شیمی، 1400
31. "بررسی نظری شیمی گزینی آنزیم استیلن هیدراتاز"
    مهدی ایرانی، مرضیه آذرخش
    پژوهش های شیمی، 1398
32. "جذب سطحی و تخریب فتوکاتالیزی ماده رنگزای رودامین ب با نانو ذرات کادمیم سلنید و کادمیم سولفید"
    مهدی ایرانی، سجاد محبی، الهام السادات فاطمی، زهره عبداللهی
    شیمی کاربردی، 1397

مقالات علمی ارائه شده در همایش‌ها

1. "Molecular Dynamics Approach in the Comparison of Wild-Type and Mutants of D-hydantoinase"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، جواد شیرازی
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
2. "Computational Calculations of pKa Values of Metal Ligands in Proteins"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، اولف ریده، مریم حاجی ده آبادی
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
3. "A theoretical study of two local minima for the structures of [4Fe–4S] clusters"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، اولف ریده
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
4. "Theoretical Study of Effects of Changing the Metal Inos on Glyoxalase II Reaction Mechanism"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، جواد شیرازی
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
5. "The reaction mechanism of aphid myrosinase, a theoretical study"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، اولف ریده
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
6. "Virtual screening of human glyoxalase I inhibitors: A structure-based approach"
   مهدی ایرانی، خالد حسینی
   بیست و دومین کنفرانس شیمی معدنی ایران، 1402
7. "طراحی پروتئین هیبرید با اثر ضد توموری بر اساس سم گیاهی ریسین و ارزیابی ساختاری و عملکردی آن با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی"
   مهدی ایرانی، یاسر احمدی مقدم، اسعد معروفی
   بیست و دومین کنگره ملی و دهمین کنگره بین المللی زیست شناسی ایران، 1401
8. "Hydrolysis of S-D-lactoylglutathione By Glyoxalase II, a Theoretical Study"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، جواد شیرازی
   بیست و یکمین کنگره بین المللی شیمی انجمن شیمی ایران، 1401
9. "Protonation states of titrable residues in Escherichia Coli Glyoxalase I"
   مهدی ایرانی، سونیا جعفری، خالد حسینی
   بیست و یکمین کنگره بین المللی شیمی انجمن شیمی ایران، 1401
10. "Effects of metal ions substitution on Glyoxalase I activity"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    بیست و یکمین کنگره بین المللی شیمی انجمن شیمی ایران، 1401
11. "Protonation states of the active site glutamates of β-galactosidase; a molecular dynamics study"
    مهدی ایرانی، سمانه پروانه
    بیست و یکمین کنفرانس شیمی فیزیک ایران، 1397
12. "Theoretical study of geometries and energetics of adsorption of benzyl alcohol, benzaldehyde and benzoic acid on CdS and CdSe nanostructures"
    مهدی ایرانی، شیما رشیدی
    بیست و یکمین کنفرانس شیمی فیزیک ایران، 1397
13. "Chemoselectivity of acetylene hydratase towards afew amines and alchols"
    مهدی ایرانی، مرضیه آذرخش
    هفتمین همایش بیوانفورماتیک ایران، 1396
14. "Thr-101 and HOH-404 in proton exchange of glutathiohydroxyacetone by Glyoxalase І"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    هفتمین همایش بیوانفورماتیک ایران، 1396
15. "Investigating the different environments of active site glutamates of Glyoxalase І"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    هفتمین همایش بیوانفورماتیک ایران، 1396
16. "Stereospecific proton exchange of Glutathiohydroxyacetone by Glyoxalase І: A DFT study"
    مهدی ایرانی
    Swedish Theoretical Chemistry 2016، 1395
17. "Adsorption of anabasine by CdSe nanoparticles; a theroretical study"
    مهدی ایرانی، الهام السادات فاطمی
    بیست و سومین سمینار شیمی آلی ایران، 1394
18. "Kinetic isotopic effect on catalytic reaction of escherichia coli glyoxalase I; a theoretical study"
    مهدی ایرانی، خالد حسینی
    بیست و سومین سمینار شیمی آلی ایران، 1394
19. "Catalytic reaction of Bacillus circulans β-galactosidase; a theoretical study"
    مهدی ایرانی، مهدیه قاسمی
    بیست و سومین سمینار شیمی آلی ایران، 1394
20. "Adsorption and photocatalytic degradation of Carbendazim by ZnO nanoparticles: A joint theoretical and experimental study"
    مهدی ایرانی، طاهره محمدی
    پنجمین همایش بین المللی علوم و فناوری نانو، 1393
21. "Catalytic Reaction of Escherichia coli Glyoxalase I: A Theoretical Study"
    مهدی ایرانی، بهناز فرشیدفر
    هفدهمین کنفرانس شیمی فیزیک ایران، 1393
22. "Site-directed mutagenesis and amino acid oxidation of Candida Antarctica lipase B studied by molecular dynamics simulations"
    مهدی ایرانی، طاهره محمدی
    پنجمین همایش بیوانفورماتیک ایران، 1393
23. "Enantioselectivity of lipase B from Candida Antarctica in the transesterification reaction of (R,S)-1-phenylethanol and S-ethyl thiooctanoate; a density functional study"
    مهدی ایرانی، سعید حیدریان، بهناز فرشیدفر
    پنجمین همایش بیوانفورماتیک ایران، 1393
24. "Molecular Dynamics Simulations of Amino Acid Oxidation of Lipase B"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    شانزدهمین کنگره شیمی ایران، 1392
25. "Theoretical investigation of catalytic mechanism and stereo specificity of human Glyoxalase I"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    شانزدهمین کنگره شیمی ایران، 1392
26. "A QM/MM study of catalytic mechanism of human Glyoxalase I"
    مهدی ایرانی، سونیا جعفری
    پانزدهمین کنفرانس شیمی فیزیک ایران، 1391
27. "Investigation of Solvent effects on reactivity of Cis- 5 diaminedichloroplatinum (II); a quantum mechanics and Monte Carlo simulation study"
    مهدی ایرانی، محمد حقگو، محمد رضا غلامی
    12thIran. Physical Chem. Seminar، 1388
28. "A joint experimental and theoretical study of kinetics and mechanims of rearangment of allyl p-tolyl ether"
    مهدی ایرانی، محمد حقگو، علی طالبی، محمد رضا غلامی
    12thIran. Physical Chem. Seminar، 1388
29. "Theoretical study of solvent and substituent effects on the Diels-Alder reactions"
    مهدی ایرانی، محمد حقگو، محمد رضا غلامی
    11th Iranian Physical Chemistry Seminar، 1387
30. "Kinetics and Mechanism of Hydroxylamine and Amine oxide ion reactions with Methyl iodide; Theoretical Approach"
    مهدی ایرانی، محمد حقگو، محمد رضا غلامی
    The 10th Iranian Physical Chemistry Seminar، 1386