گروه مهندسی بیوسیستم در سال 1386 با جذب دانشجو در مقطع کارشناسی مهندسی مکانیک ماشین‌های کشاورزی در دانشکده کشاورزی دانشگاه کردستان تاسیس گردید. در سال 1391 با راه‌اندازی مقطع کارشناسی ارشد، گام‌های اولیه برای توسعه تحصیلات تکمیلی و ارتقاء فعالیت‌های پژوهشی گروه برداشته شد. گروه مهندسی بیوسیستم با دارا بودن 9 نفر عضو هیات علمی تمام وقت یکی از گروه های فعال دانشکده کشاورزی است. آزمایشگاه ها و کارگاه های تخصصی این گروه شامل 1) کارگاه موتور و تراکتور، 2) کارگاه ماشین های کشاورزی، 3) آزمایشگاه پس از برداشت و خشک کن ها، 4) آزمایشگاه ابزار اندازه گیری دقیق، 5) کارگاه ماشین ابزار و جوشکاری، 6) آزمایشگاه انرژی های تجدیدپذیر و 7) آزمایشگاه بیوانرژی هستند.
همزمان با ایجاد تغییرات گسترده در سرفصل رشته‌های مرتبط با ماشین‌های کشاورزی، در سال 1392 نام گروه به مهندسی بیوسیستم تغییر یافت. در حال حاضر این گروه در مقطع کارشناسی مهندسی مکانیک بیوسیستم و مهندسی ماشین‌های صنایع غذایی و در مقطع کارشناسی ارشد مهندسی مکانیک بیوسیستم با گرایش‌های طراحی و ساخت، فناوری پس از برداشت و انرژی¬های تجدیدپذیر به آموزش دانشجویان می‌پردازد. توسعه رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم در گرایش مکانیزاسیون کشاورزی در سطح کارشناسی ارشد و گرایش طراحی و ساخت، فناوری پس از برداشت و انرژی در سطح دکتری تخصصی از اهداف کوتاه مدت این گروه است.
وجود امکانات مناسب در کارگاه‌‌ها و آزمایشگاه‌های گروه و نیز بهره‌مندی از کادر هیات علمی مجرب و برجسته، این امکان را به وجود آورده است تا گروه مهندسی بیوسیستم دانشگاه کردستان در زمره گروه‌های برتر در کشور قرار گیرد.