گروه مهندسی بیوسیستم در سال 1386 در دانشکده کشاورزی دانشگاه کردستان با نام گروه مهندسی مکانیک ماشین‌های کشاورزی و با جذب دانشجو در مقطع کارشناسی تاسیس گردید. در سال 1391 با راه‌اندازی مقطع کارشناسی ارشد، گام‌های اولیه جهت توسعه تحصیلات تکمیلی و ارتقاء فعالیت‌های پژوهشی گروه برداشته شد.
همزمان با ایجاد تغییرات گسترده در سرفصل رشته‌های مرتبط با ماشین‌های کشاورزی، در سال 1392 نام گروه به مهندسی بیوسیستم تغییر یافت. در حال حاضر این گروه در مقطع کارشناسی رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم و مهندسی ماشین‌های صنایع غذایی و در مقطع کارشناسی ارشد رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم با گرایش‌های طراحی ماشین‌های کشاورزی و فناوری پس از برداشت به آموزش دانشجویان می‌پردازد. توسعه رشته مهندسی مکانیک بیوسیستم در گرایش انرژی‌های تجدیدپذیر در سطح کارشناسی ارشد و گرایش طراحی ماشین‌های کشاورزی در سطح دکتری تخصصی و نیز تاسیس رشته مهندسی مکانیزاسیون کشاورزی در سطح کارشناسی ارشد از اهداف میان‌مدت این گروه است.
وجود امکانات مناسب در کارگاه‌‌ها و آزمایشگاه‌های گروه و نیز بهره‌مندی از کادر هیات علمی مجرب و برجسته، این امکان را به وجود آورده است تا گروه مهندسی بیوسیستم دانشگاه کردستان در آینده‌ای نزدیک در زمره گروه‌های برتر در کشور قرار گیرد.